汪小龙

发布者:张亚健发布时间:2018-04-26浏览次数:5489


 

姓名:汪小龙

学历/职称/职务:博士、副教授

联系方式:

邮箱:Xiaolong@ouc.edu.cn  

地址:

中国海洋大学生命学院生物工程系

山东青岛鱼山路5号化学馆218

邮编:266003



学习工作简历:

教育背景

2002–2006 博士,中国海洋大学,研究方向:海洋生物技术

1996–1999 硕士,西北农林科技大学,研究方向:分子生物学

1992–1996 本科,西北农林科技大学,主修动物科学专业,辅修计算机科学专业

工作经历

2006–至今 中国海洋大学,副教授

2007–2008  美国俄克拉荷马州立大学(Oklahoma State University),博士后/访问学者

2001–2005  中国海洋大学,讲师

1999–2000  中国海洋大学,助教

科研领域描述:

目前研究方向为生物技术制药、分子生物技术、生物信息学、计算生物学及其交叉学科。研究兴趣包括开发和应用新型核酸扩增技术,设计和开发新型基因转移、基因表达调控及基因治疗的方法和药物(包括反义寡核苷酸、siRNAmiRNA等)。开发新型生物计算算法,编写用户友好的生物信息学软件,用于DNA和蛋白质序列分析,数据挖掘,进行蛋白质空间结构模拟、分子系统发生、分子进化和分子生物学研究。另外,本人还对DNA计算机研究感兴趣,开发新型DNA计算算法。

1) 在生物制药和分子生物技术领域:首创了一种新型核酸扩增技术,称为聚合酶-内切酶扩增反应(Polymerase-endonuclease Amplification Reaction, PEAR, 该技术已经获得国家发明专利授权,并已经申请国际专利。PEAR技术具有重要的科学意义和应用价值:可用于扩增寡核苷酸和小RNA,可制备反义寡核苷酸药物,用于基因调控和基因治疗等研究。与化学合成法相比,PEAR扩增和制备反义寡核苷酸设备成本低、无污染,而且产物纯度高,易于实现规模化和自动化生产。

2)在生物信息和生物计算领域:目前蛋白及其编码DNA序列的比对和进化分析,是分别进行的,但二者往往会得出截然不同的结论。本人开发了一种新型核酸和蛋白质序列联合比对分析方法和软件——“密码子-氨基酸联合序列比对”(Codon and Amino-acid Unified Sequence Alignments, CAUSA),将蛋白质编码DNA序列和其氨基酸序列组合,统一进行多序列比对,不仅大大提高了DNA和蛋白质序列比对的精确度,而且发现了几种新的插入/缺失序列变异模式。从理论上证明了CAUSA联合序列比对的熵信息量更大。通过对HIV等病毒蛋白基因的实例分析,证实了用CAUSA软件比对结果画进化树,能够克服分子系统和进化分析中常见的进化树不准确和不一致问题,能够更清楚地解释进化事件,并使蛋白质空间结构模拟结果也更加准确。该软件目前已发布2.0版,可在网站免费下载使用。

3) 在DNA计算机领域:本人提出了一种新型DNA计算方法,用连接酶链式反应(Ligase Chain Reaction, LCR)技术解决了计算机科学中著名的SAT难题,并构建了数字逻辑电路,与国际同类研究相比具有容错性好,灵敏度高,时间/空间复杂度低等优势。


代表性成果:

发表论文:

(1). Biao Li, Shihua Dong, Jiajun Wu, Jianye Zhang, Gang Chen, Quanjiang Dong, Xinhong Zhu, Xiaolong Wang* (2013) Preparation of 5′-O-(1-Thiotriphosphate)-Modified Oligonucleotides Using Polymerase-Endonuclease Amplification Reaction (PEAR). PLoS ONE 8(7): e67558. doi:10.1371/journal.pone.0067558

(2). Shuang-yong Xu, Rebecca L. Nugent, Julie Kasamkattil, Alexey Fomenkov, Yogesh Gupta, Aneel Aggarwal, Xiaolong Wang, Zhiru Li, Yu Zheng, and Richard Morgan (2012) Characterization of Type II and III restriction-modification systems from Bacillus cereus strains ATCC10987 and ATCC14579, Journal of Bacteriology, 194(1): 49-60, doi:10.1128/JB.06248-11 (SCI IF 2010: 3.726)

(3). Xiaolong WANG, Deming GOU, Shuang-yong XU. (2010) Polymerase- Endonuclease Amplification Reaction (PEAR) for Large-Scale Enzymatic Production of Antisense Oligonucleotides. PLoS ONE, 5(1): e8430. doi:10.1371/journal.pone.0008430. (SCI IF 2010: 4.351)

(4). Xiaolong WANG, Zhenmin BAO, Jingjie HU, Deming GOU. (2008) DNA computing solves the 3-SAT problem with a small solution space, Current Nanoscience, 4 (4): 354-360. DOI: 10.2174/157341308786306099 (SCI IF 2008: 2.437)

(5). Xiaolong WANG, Zhenmin BAO, Jingjie HU, Shi WANG, Aibin ZHAN, (2008), Solving the SAT problem using a DNA computing algorithm based on ligase chain reaction, Biosystems, 91: 117–125. doi:10.1016/j.biosystems.2007.08.006 (SCI IF 2008: 1.477)

(6). Xiaolong WANG, Jingjie HU, Jie PAN, Zhuojun MA, Ke BI, Quanqi ZHANG  and Zhenmin BAO. (2004), Polyethylenimine promotes sperm-mediated transgene and oligonucleotide delivery in abalone haliotis discus hannai. Journal of shellfish Research, 23(4): 1123-1127 (SCI IF 2009: 0.891)

(7). Shi WANG, Lingling ZHANG , Aibin ZHAN, Xiaolong WANG, Zhanjiang Liu, Jingjie Hu and Zhenmin BAO. (2007), Patterns of concerted evolution of an rDNA family in a natural population of Zhikong scallop, Chlamys farreri. J. Molecular Evolution. 65(6): 660-667 1127 (SCI IF 2007: 3.234)

(8). Aibin ZHAN, Jingjie HU, Xiaolong WANG, Wei Lu, Min Hui and Zhenmin Bao. (2006) A panel of polymorphic EST-derived microsatellite loci for the bay scallop (Argopecten irradians) J. Molluscan Studies, 72: 435-438 (SCI IF 2006: 0.968)

(9). AIBIN ZHAN, ZHENMIN BAO, BING YAO, XIAOLONG WANG, MIN HUI, JINGJIE HU. (2006) Polymorphic microsatellite markers in the Zhikong scallop, Chlamys farreri, Molecular Ecology Notes, 6: 127-129 (SCI IF 2006: 1.220)

(10). [Xiaolong WANG, Jie PANShi WANG, et al. (2006) Identification of the Raw Material of Ejiao Using the CytB Gene PCR-RFLP Method, PERIODICAL OF OCEAN UNIVERSITY OF CHINA, 36 (4): 645-648   (Article in Chinese)  ]

(11). [Xiaolong WANG, Zhifa YUAN, et al. (2002) Maximum entropy principle and population genetic equilibrium, ACTA GENETICA SINICA, 29(6) 562-564 (Article in Chinese) [PDF]

预印本和会议论文:

(1) Xiaolong Wang; Yu Fu; Yue Zhao; Qi Wang; Chandra Sekhar Pedamallu; Shuang-yong Xu; Yingbo Niu and Jingjie Hu. (2011) Accurate Reconstruction of Molecular Phylogenies for Proteins Using Codon and Amino Acid Unified Sequence Alignments (CAUSA). Nature Precedings http://precedings.nature.com/documents/4898/version/1

专利和软件著作权:

(1) 2013, Patent: Method for amplifying oligonucleotide and small RNA by using polymerase-endonuclease chain reaction, PCT/CN2009/000362CN200980128021, WO2010075659A1 US20120028253

(2) 2006, Patent: Method for amplifying specific circular or concatemer nucleic acid, CN 200410035814.5

(3) 2013, Software: Codon and Amino acid unified sequence alignment (CAUSA)

(4) 2006, Software: Repeat Reporter (RR), 2006SR00848